Representa una de las pocas enfermedades que realmente compromete el tamaño del pene, la cual puede tener graves repercusiones sexuales, psicológicas y sociales de no ser tratada a tiempo. Es una entidad muy infrecuente, que puede presentarse como anomalía aislada, o asociada a enfermedades genéticas. La deficiencia de hormonas sexuales o falta de respuesta de los genitales a éstas, además de alteraciones en los genes, se describen entre las causas que la producen. Se caracteriza clínicamente por penes de aspecto normoconfigurado con menos de 2,5 cm de longitud al nacer, las bolsas escrotales pueden estar poco desarrolladas y los testículos no siempre están dentro de las mismas.
El micropene debe ser sospechado al momento del nacimiento; diagnósticos erróneos o demorados, pueden retrasar el inicio del tratamiento, comprometer los resultados de este y aumentar la frustración de los padres.
En años recientes se han producido grandes avances en su tratamiento. Los niños deben ser atendidos por equipos multidisciplinarios, que incluyan: pediatras, endocrinólogos, cirujanos y urólogos infantiles, genetistas, psicólogos, etc. La administración de hormonas masculinas en los primeros meses de la vida es considerada el tratamiento de primera elección y proporciona resultados alentadores hasta en el 90% de los casos. No alcanzar la longitud exacta del promedio de la población sana no traduce el fracaso de la terapéutica; los objetivos de esta consisten en proporcionar una imagen corporal adecuada, permitirle al niño orinar de pie y tener una función sexual aceptable.